お子さんの反対咬合のお悩みですね。歯ならびが良い人に比べると、歯みがきが難しくなるため、むし歯や歯周病になりやすくなることはあると思います。
また、かみ合わせに状態によって食事が食べにくい、発音がしづらいというようなことがある場合もあります。

お子さんの日常の様子を観察されて、一度通院されている歯科医院へお伝えし、ご相談いただくのが良いかと思います。